世界的人気コンテンツ「ちいかわ」がついに映画化！ 

ある日、ちいかわとハチワレが広場でくつろいでいると、突如として顔にチラシを貼り付けたうさぎがやって来る。ハチワレがそのチラシを確認すると、それは「特別な島へご招待」と書かれた招待状であった。チラシに記載された魅力的な言葉に釣られ、島合宿に行くことを決めたちいかわたち。チラシの内容を怪しがるラッコとともに乗船し、島に上陸したちいかわ一同は島民から大歓迎で迎えられる。楽しい時間を過ごしていたちいかわたちだが、島に住む巨大な“セイレーン”が島民を次々と連れ去っているという事実を聞かされ、セイレーンの討伐計画に巻き込まれていく。ひたむきに進むちいかわたちに次々と訪れる試練。

みんなで乗り越えられるのか…!? そして島に隠された本当の“ひみつ”とは…!?。